Habilitation à diriger des recherches

La physique, la biologie, l'informatique ou encore les sciences humaines nous offrent de nombreux exemples de systèmes dont le comportement global résulte des interactions entre des entités homogènes ou hétérogènes. Nous pouvons citer sans être exhaustif : les bancs de poissons, les nuées d'oiseaux, les colonies de bactéries, les tas de sable, les automates cellulaires, les réseaux d'interaction et de régulation dans le domaine de la protéomique, les sociétés d'insectes, le système immunitaire, les villes, les langues naturelles.
Les notions d'interaction et de système sont centrales, c'est par leur intermédiaire que des propriétés locales et globales vont se dégager. Les interactions s'expriment au sein d'un réseau en perpétuelle reconfiguration. Le système peut être éventuellement complexe ou pas, mais en tout état de cause les systèmes étudiés présentent une ou plusieurs des caractéristiques suivantes :

• Le graphe/réseau d'interaction est non trivial, des interactions se créent, disparaissent, évoluent et il existe éventuellement des interactions de différente nature.
• Le système n'est pas centralisé, les interactions sont locales.
• Les informations sont locales en génèral.
• Il existe des boucles de rétroaction via d'autres entités ou par l'intermédiaire de l'environnement.
• Le système est ouvert structuré par les flux d'énergie, de matière et d'information.

L'informatique à laquelle je m'intéresse poursuit principalement deux objectifs :

• Bio-informatique, tenter de comprendre et d'expliquer le fonctionnement et l'organisation de systèmes, le plus souvent complexes, du monde vivant par la conception de modèles et la mise en œuvre de simulations.
• Bio-inspiré, élaborer de nouveaux modèles conceptuels et définir de nouvelles approches adaptées aux caractéristiques des systèmes informatiques distribués et parallèles en s'inspirant des systèmes vivants et de leurs mécanismes spécifiques.

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• Page de garde et table des matières.
• Contexte scientifique.
• Contribution : les écosystèmes.
• Contribution : Détection d'organisations. (Partie 1).
• Contribution : Détection d'organisations. (Les figures coupables).
• Contribution : Détection d'organisations. (Partie 2).
• Contribution : Bio-informatique.
  
• Contexte universitaire : CV
• Conclusion et bibliographie.

• Pré-rapport du Professeur Moulay Aziz Alaoui
• Pré-rapport du Professeur Gérard H. E. Duchamp

• Rapport du Professeur Luca Gambardella
• Rapport du Professeur Gérard H. E. Duchamp
• Rapport du Professeur Cyrille Bertelle

• Graphe homologique de protéines, dans un tel graphe chaque nœud est une protéine et un arc existe entre deux protéines si elles sont proches et sont fonctionnellement apparentées. L'algorithme met en évidence des groupes de protéines fonctionnellement voisines.
• Liens entre des livres achetés par des consommateurs à partir de la base de données  du site de vente en ligne, Amazon™ : 5 couleurs, profondeur 15 ou  profondeur 30
• AntCO2 et une simulation d'écosystème : Bancs de poissons.