Modélisation informatique de système à base d'interactions et
détection d'organisations.
Modèle du vivant.
![](img/MoebiusBM4.png)
Les notions d'interaction et de système sont centrales, c'est par leur intermédiaire que des propriétés locales et globales vont se dégager. Les interactions s'expriment au sein d'un réseau en perpétuelle reconfiguration. Le système peut être éventuellement complexe ou pas, mais en tout état de cause les systèmes étudiés présentent une ou plusieurs des caractéristiques suivantes :
- Le graphe/réseau d'interaction est non trivial, des interactions se créent, disparaissent, évoluent et il existe éventuellement des interactions de différente nature.
- Le système n'est pas centralisé, les interactions sont locales.
- Les informations sont locales en génèral.
- Il existe des boucles de rétroaction via d'autres entités ou par l'intermédiaire de l'environnement.
- Le système est ouvert structuré par les flux d'énergie, de matière et d'information.
- Bio-informatique, tenter de comprendre et d'expliquer le fonctionnement et l'organisation de systèmes, le plus souvent complexes, du monde vivant par la conception de modèles et la mise en œuvre de simulations.
- Bio-inspiré, élaborer de nouveaux modèles conceptuels et définir de nouvelles approches adaptées aux caractéristiques des systèmes informatiques distribués et parallèles en s'inspirant des systèmes vivants et de leurs mécanismes spécifiques.
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- Page de garde et table des matières.
- Contexte scientifique.
- Contribution : les écosystèmes.
- Contribution : Détection d'organisations. (Partie 1).
- Contribution : Détection d'organisations. (Les figures coupables).
- Contribution : Détection d'organisations. (Partie 2).
-
Contribution
: Bio-informatique.
- Contexte universitaire : CV
- Conclusion et bibliographie.
Rapports autorisant l'inscription en HDR
Rapports concernant l'HDR
Quelques vidéos
- Graphe homologique de protéines, dans un tel graphe chaque nœud est une protéine et un arc existe entre deux protéines si elles sont proches et sont fonctionnellement apparentées. L'algorithme met en évidence des groupes de protéines fonctionnellement voisines.
- Liens entre des livres achetés par des consommateurs à partir de la base de données du site de vente en ligne, Amazon™ : 5 couleurs, profondeur 15 ou profondeur 30
- AntCO2 et une simulation d'écosystème : Bancs de poissons.